本站成立於民國41年2月1日，地址花蓮市中山路52號（花東鐵路時期舊花蓮火車站對面），首任站長陳運通。早期在民國35年公路局運輸處花蓮車站兼辦花蓮縣公路監理業務。52年因整修暫遷移至花蓮市民國路89號，54年再遷回中山路原址，63年遷移至現址花蓮縣吉安鄉中正路2段152號，土地面積1.6公頃。

民國70年6月1日玉里監理分站成立，便利服務花蓮縣南區玉里鎮、瑞穗鄉、富里鄉及卓溪鄉等四鄉鎮民眾辦理公路監理業務。